Arrêt de travail : fonctionnement, indemnisation et obligations employeur

Guides & Ressources pratiques
29 Jun 2026
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7 min de lecture
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Points clés de l'article
  1. L'employeur dispose de 5 jours pour transmettre l'attestation de salaire via la DSN après réception d'un arrêt de travail.
  2. Le maintien de salaire légal débute après un délai de carence de 7 jours et suppose 1 an d'ancienneté minimum du salarié.
  3. La subrogation permet à l'employeur de percevoir directement les IJSS versées par la CPAM, à condition de maintenir au moins l'équivalent de ces indemnités.
  4. L'employeur peut faire contrôler la réalité de l'arrêt par une contre-visite médicale patronale, à ses frais.
  5. Au retour du salarié, une visite de reprise auprès du médecin du travail est obligatoire dès 30 jours d'absence pour maladie non professionnelle.

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Sommaire

Arrêt de travail : définition et principaux types

Obligations de l'employeur dès réception de l'arrêt

Maintien de salaire et indemnités journalières (IJSS)

Subrogation : conditions et démarche en DSN

Contrôle de l'arrêt et contre-visite médicale patronale

Fin de l'arrêt, prolongation et reprise du salarié

FAQ

Pour aller plus loin

Arrêt de travail : définition et principaux types

Un arrêt de travail est une prescription médicale qui suspend temporairement l'exécution du contrat de travail d'un salarié. Le médecin traitant, un spécialiste ou un praticien hospitalier délivre ce document, qui ouvre droit à une indemnisation sous conditions.

En France, la CPAM a enregistré 8,9 millions d'arrêts maladie indemnisés en 2022, pour un coût de 15,8 milliards d'euros d'indemnités journalières. Pour un dirigeant de PME, chaque arrêt déclenche des obligations précises en matière de paie, de déclaration et de contrôle.

On distingue 3 catégories principales :

Type d'arrêtOrigineCarence CPAMTexte de référence
Maladie non professionnellePathologie ou accident de la vie courante3 joursArt. L. 321-1 CSS
Accident du travail / Maladie professionnelle (AT/MP)Lien direct avec l'activité professionnelleAucuneArt. L. 433-1 CSS
Maternité / PaternitéGrossesse, naissance, adoptionAucuneArt. L. 331-3 CSS

La distinction est déterminante : elle conditionne le délai de carence, le taux d'indemnisation et les obligations déclaratives de l'employeur.

Obligations de l'employeur dès réception de l'arrêt

Le salarié dispose de 48 heures pour transmettre son avis d'arrêt à l'employeur (volet 3) et à la CPAM (volets 1 et 2). Dès réception, l'employeur doit agir dans un calendrier strict.

Attestation de salaire et signalement DSN

L'employeur transmet l'attestation de salaire via la DSN (Déclaration Sociale Nominative) dans un délai de 5 jours. Ce signalement d'arrêt déclenche le calcul des indemnités journalières par la CPAM. Un retard retarde l'indemnisation du salarié et expose l'entreprise à des pénalités.

Vérifications à effectuer

  • Ancienneté du salarié : condition du maintien de salaire légal (1 an minimum).
  • Convention collective applicable : de nombreuses CCN prévoient des conditions plus favorables (délai de carence réduit, taux de maintien supérieur).
  • Cohérence des dates : vérifier la date de début, la durée prescrite et les éventuelles prolongations.

Un oubli de signalement DSN dans les 5 jours peut entraîner une pénalité de 7,57 € par salarié et par mois de retard, plafonnée à 75,70 € (art. R. 133-14 CSS).

Maintien de salaire et indemnités journalières (IJSS)

L'indemnisation du salarié en arrêt de travail repose sur 2 sources cumulées : les IJSS versées par la Sécurité sociale et le maintien de salaire à la charge de l'employeur.

IJSS : calcul et conditions

La CPAM verse des indemnités journalières égales à 50 % du salaire journalier de base, calculé sur les 3 derniers mois de salaire brut (plafond de 1,8 SMIC). En AT/MP, le taux monte à 60 % les 28 premiers jours, puis 80 % à partir du 29e jour.

Maintien de salaire légal (loi de mensualisation)

L'article L. 1226-1 du Code du travail impose un maintien de salaire selon ce barème :

PériodeTaux de maintien (brut)Condition
Du 8e au 37e jour90 % du salaire brut1 an d'ancienneté, justificatif dans 48 h
Du 38e au 67e jour66,66 % du salaire brutIdem

Ces durées augmentent de 10 jours par tranche de 5 ans d'ancienneté au-delà de la première année. Le maintien s'entend déduction faite des IJSS : l'employeur complète la différence entre les IJSS et le taux garanti.

Gérer le maintien de salaire et les IJSS sans erreur de paie suppose une lecture précise de la convention collective applicable.
Consulter un avocat en droit du travail

Subrogation : conditions et démarche en DSN

La subrogation permet à l'employeur de percevoir directement les IJSS de la CPAM, à la place du salarié. Elle simplifie la gestion de paie et évite les décalages de trésorerie pour le salarié.

Conditions de mise en œuvre

La subrogation est possible lorsque l'employeur maintient au moins l'équivalent des IJSS pendant la période d'arrêt. Elle peut être :

  • De droit : lorsque le maintien de salaire est au moins égal aux IJSS (art. R. 323-11 CSS).
  • Conventionnelle : prévue par la convention collective ou un accord d'entreprise.

Déclaration en DSN

L'employeur signale la subrogation dans le bloc « Arrêt de travail » de la DSN, en renseignant :

  • La date de début et de fin de subrogation.
  • Le RIB de l'entreprise (pour le versement des IJSS par la CPAM).
  • Le montant du salaire maintenu.

Une erreur de paramétrage DSN peut entraîner un double versement (au salarié et à l'employeur) ou un non-versement. La régularisation génère des délais de remboursement de 2 à 6 mois auprès de la CPAM.

Contrôle de l'arrêt et contre-visite médicale patronale

L'employeur qui maintient le salaire peut vérifier le bien-fondé de l'arrêt. L'article L. 1226-1 du Code du travail autorise la contre-visite médicale patronale.

Modalités pratiques

L'employeur mandate un médecin de son choix, à ses frais, pour examiner le salarié à son domicile ou au cabinet. Le salarié doit se soumettre à cet examen sous peine de perdre le bénéfice du maintien de salaire employeur.

Depuis le décret du 5 juillet 2024 (n° 2024-692), les règles sont précisées :

  • Le salarié doit communiquer son lieu de repos s'il diffère de son domicile.
  • Le médecin contrôleur transmet ses conclusions à l'employeur dans les 48 heures.
  • Si l'arrêt est jugé injustifié, l'employeur peut suspendre le maintien de salaire dès notification au salarié.

Ce dispositif ne remet pas en cause les IJSS, qui relèvent du contrôle médical de la CPAM (convocation par le médecin-conseil).

La contre-visite patronale obéit à un cadre juridique strict. Un vice de procédure peut rendre la suspension du maintien de salaire inopposable.
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Fin de l'arrêt, prolongation et reprise du salarié

Prolongation de l'arrêt

Une prolongation doit être prescrite avant l'expiration de l'arrêt initial. Le salarié transmet le nouvel avis dans les 48 heures. L'employeur effectue un nouveau signalement DSN dans les 5 jours.

Reprise du travail

À la date de fin d'arrêt, le salarié reprend son poste. L'employeur doit organiser une visite de reprise auprès du médecin du travail dans les cas suivants :

  • Absence d'au moins 30 jours pour maladie non professionnelle.
  • Absence pour AT/MP, quelle que soit la durée.
  • Absence pour maternité.

Cette visite doit intervenir dans les 8 jours suivant la reprise effective (art. R. 4624-31 du Code du travail). Son absence constitue un manquement de l'employeur à son obligation de sécurité, sanctionnable devant le conseil de prud'hommes.

Conséquences d'un retard ou d'une absence injustifiée

Si le salarié ne reprend pas le travail à la date prévue sans justificatif, l'employeur doit le mettre en demeure par courrier recommandé. L'absence prolongée sans motif peut, après mise en demeure restée sans réponse, justifier une procédure disciplinaire pouvant aller jusqu'au licenciement.

Faire appel à un avocat en droit du travail permet de sécuriser chaque étape, de la réception de l'arrêt jusqu'à la reprise effective du salarié.

FAQ

Quel est le délai pour déclarer un arrêt de travail en DSN ?

L'employeur dispose de 5 jours à compter de la connaissance de l'arrêt pour effectuer le signalement en DSN. Ce délai conditionne le déclenchement du versement des IJSS par la CPAM. Un retard expose à une pénalité financière.

Le maintien de salaire est-il obligatoire dès le premier jour d'arrêt ?

Non. Le maintien de salaire légal débute au 8e jour d'absence (délai de carence de 7 jours) et suppose au moins 1 an d'ancienneté. Toutefois, la convention collective applicable peut prévoir un maintien dès le 1er jour ou un taux plus favorable.

Peut-on refuser la subrogation ?

La subrogation est de droit lorsque le salaire maintenu est au moins égal aux IJSS. L'employeur ne peut pas s'y opposer dans ce cas. En revanche, si le maintien est inférieur aux IJSS, la subrogation n'est possible que si un accord collectif ou le contrat la prévoit.

Que se passe-t-il si le salarié refuse la contre-visite médicale ?

Le salarié qui refuse de se soumettre à la contre-visite patronale perd le bénéfice du maintien de salaire employeur. En revanche, ses IJSS versées par la CPAM ne sont pas affectées par ce refus.

La visite de reprise est-elle obligatoire pour un arrêt de 2 semaines ?

Pour un arrêt maladie non professionnelle de moins de 30 jours, la visite de reprise n'est pas obligatoire. Elle le devient dès 30 jours d'absence. En cas d'AT/MP ou de maternité, elle est obligatoire quelle que soit la durée de l'arrêt.

Pour aller plus loin

Arrêt maladie : quel maintien de salaire ? - Code du travail numérique

La subrogation de salaire en cas d'arrêt de travail - Ameli.fr

Arrêt maladie du salarié : les indemnités journalières - Ameli.fr

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