Exécution des marchés publics : obligations, paiement et litiges

Guides & Ressources pratiques
04 Jul 2026
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9 min de lecture
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Points clés de l'article
  1. L'exécution d'un marché public est encadrée par le Code de la commande publique et le CCAG applicable : chaque obligation du titulaire est assortie de sanctions précises.
  2. La facturation passe obligatoirement par Chorus Pro ; tout retard de paiement de l'acheteur déclenche automatiquement des intérêts moratoires.
  3. Les pénalités de retard peuvent être contestées, et les modifications du marché obéissent à des seuils stricts (plafond de 10 % ou 15 % selon le type de marché).
  4. Le titulaire dispose d'un délai de réclamation encadré par le CCAG ; un mémoire en réclamation mal formalisé entraîne la forclusion de ses droits.
  5. Anticiper les points de vigilance (sous-traitance déclarée, ordres de service écrits, traçabilité des échanges) réduit le risque de litige et protège la marge du contrat.

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Sommaire

Cadre juridique de l'exécution des marchés publics

Obligations du titulaire pendant l'exécution

Facturation et paiement via Chorus Pro

Acomptes, avances et intérêts moratoires

Pénalités de retard et modifications du marché

Réclamations et règlement des litiges d'exécution

Points de vigilance pour sécuriser l'exécution

FAQ

Pour aller plus loin

Cadre juridique de l'exécution des marchés publics

L'exécution des marchés publics est régie par le Code de la commande publique (CCP), entré en vigueur le 1er avril 2019, et par les cahiers des clauses administratives générales (CCAG). Le CCP fixe les règles relatives au paiement, aux modifications et à la résiliation. Le CCAG applicable — travaux, fournitures courantes, prestations intellectuelles, TIC ou techniques industrielles — détaille les modalités pratiques : délais d'exécution, réception, garanties et réclamations.

En pratique, le contrat se compose de pièces hiérarchisées. L'acte d'engagement, le CCAP (cahier des clauses administratives particulières) et le CCTP (cahier des clauses techniques particulières) priment sur le CCAG en cas de contradiction. Le titulaire doit donc lire chaque pièce contractuelle dans l'ordre de priorité défini par le marché. Ignorer cette hiérarchie expose à des erreurs d'interprétation coûteuses, notamment sur les délais ou les conditions de facturation.

Le juge administratif contrôle l'équilibre du contrat. Le Conseil d'État a rappelé, dans sa décision Béziers I (2009), que le contrat s'impose aux deux parties et que sa loyauté d'exécution conditionne la recevabilité des recours. Ce principe structure l'ensemble des relations entre l'acheteur public et le titulaire.

Obligations du titulaire pendant l'exécution

Le titulaire d'un marché public assume 3 catégories d'obligations : respecter les délais, exécuter les prestations conformément au CCTP et satisfaire aux exigences administratives du contrat.

Respect des délais

Le délai d'exécution court à compter de la date fixée par l'ordre de service de démarrage. Tout retard non justifié déclenche l'application de pénalités de retard, calculées selon les formules prévues au CCAP ou, à défaut, au CCAG. Le titulaire peut demander une prolongation de délai en cas d'intempéries (pour les marchés de travaux), de force majeure ou de retard imputable à l'acheteur, à condition de formaliser sa demande par écrit dans les délais contractuels.

Sous-traitance

La sous-traitance doit être déclarée et acceptée par l'acheteur public avant le début d'exécution du sous-traitant (article L. 2193-2 du CCP). Le sous-traitant bénéficie du paiement direct dès lors que le montant de sa prestation dépasse 600 € TTC. Un sous-traitant non déclaré prive l'entreprise de toute protection contractuelle et expose à une résiliation pour faute.

Conformité des prestations

L'exécution doit être conforme aux spécifications du CCTP. Toute modification technique unilatérale du titulaire constitue une faute contractuelle. En revanche, l'acheteur peut prescrire des modifications par ordre de service, dans la limite des seuils autorisés par le CCP.

ObligationFondementSanction en cas de manquement
Respect des délaisCCAG + CCAPPénalités de retard
Déclaration de sous-traitanceArt. L. 2193-2 CCPRésiliation pour faute
Conformité techniqueCCTPRefus de réception, reprise à charge
Assurances obligatoiresCCAPMise en demeure, résiliation

Facturation et paiement via Chorus Pro

Depuis le 1er janvier 2020, toutes les entreprises titulaires de marchés publics doivent transmettre leurs factures par voie électronique via Chorus Pro, le portail de facturation de l'État et des collectivités. Le non-respect de cette obligation entraîne le rejet de la facture et retarde le paiement.

Délais de paiement légaux

Le délai global de paiement est fixé à 30 jours pour l'État et ses établissements publics, et à 30 jours pour les collectivités territoriales et les établissements publics de santé (réduit de 50 à 30 jours depuis 2017). Ce délai court à compter de la réception de la facture sur Chorus Pro, ou à compter de l'exécution des formalités de vérification si le marché le prévoit.

Bonnes pratiques de facturation

  • Vérifier que le numéro d'engagement juridique (EJ) figure sur la facture.
  • Rattacher chaque facture au bon service fait validé par l'acheteur.
  • Conserver la preuve de dépôt horodatée sur Chorus Pro.
  • Relancer par écrit dès le dépassement du délai de paiement.

Sécuriser la facturation et le suivi des paiements nécessite une connaissance fine des règles de la commande publique.
Faites appel à un avocat spécialisé en marchés publics

Acomptes, avances et intérêts moratoires

Le titulaire peut percevoir des avances et des acomptes pour financer l'exécution du marché. L'avance est versée au démarrage : elle est obligatoire pour les marchés de plus de 50 000 € HT d'une durée supérieure à 2 mois, et son taux est fixé à 20 % du montant TTC (30 % pour les PME depuis le décret du 21 février 2023). L'acompte rémunère un service fait partiel, constaté par l'acheteur.

Intérêts moratoires

Tout retard de paiement au-delà du délai contractuel génère automatiquement des intérêts moratoires. Leur taux correspond au taux de refinancement de la BCE majoré de 8 points (soit environ 12,25 % en 2024). Une indemnité forfaitaire de 40 € pour frais de recouvrement s'y ajoute. Le titulaire n'a pas besoin de les réclamer : l'acheteur doit les liquider spontanément. En pratique, de nombreuses collectivités omettent ce versement. Le titulaire a alors intérêt à adresser une demande écrite formelle.

MécanismeConditionMontant / Taux
Avance obligatoireMarché > 50 000 € HT, durée > 2 mois20 % TTC (30 % PME)
AcompteService fait partiel constatéProportionnel au service fait
Intérêts moratoiresDépassement du délai de paiementTaux BCE + 8 points
Indemnité forfaitaireRetard de paiement40 € par facture

Pénalités de retard et modifications du marché

Pénalités de retard

Les pénalités de retard sont appliquées de plein droit, sans mise en demeure préalable (sauf clause contraire du CCAP). Leur montant est fixé par le contrat. Le CCAG Travaux 2021 prévoit par défaut 1/1 000e du montant HT du marché par jour de retard. Le titulaire peut contester ces pénalités s'il démontre que le retard est imputable à l'acheteur (retard dans la remise des plans, modification tardive du programme) ou à un événement de force majeure. La contestation passe par un mémoire en réclamation adressé dans les délais du CCAG.

Le juge administratif peut aussi modérer les pénalités manifestement excessives, en application du principe d'équilibre contractuel (CE, 29 décembre 2008, OPHLM de Puteaux).

Modifications du marché

Le CCP encadre les modifications en cours d'exécution (articles R. 2194-1 à R. 2194-10). Un avenant est nécessaire pour toute modification substantielle. Les modifications dites « de faible montant » sont possibles sans avenant si elles ne dépassent pas 10 % du montant initial pour un marché de services ou fournitures, ou 15 % pour un marché de travaux, dans la limite des seuils européens.

Contester des pénalités ou négocier un avenant requiert une argumentation juridique précise et documentée.
Consultez un avocat en droit des marchés publics

Réclamations et règlement des litiges d'exécution

Le mémoire en réclamation

Le CCAG impose au titulaire de formaliser toute contestation par un mémoire en réclamation adressé au pouvoir adjudicateur. Ce mémoire doit exposer les motifs du différend, chiffrer la demande et être transmis dans un délai strict : 30 jours à compter de la notification de la décision contestée (CCAG Travaux 2021, article 55). Le non-respect de ce délai entraîne la forclusion : le titulaire perd définitivement son droit à réclamer.

Voies de règlement

Avant de saisir le juge administratif, plusieurs mécanismes de règlement amiable existent :

  • Comité consultatif de règlement amiable (CCRA) : compétent pour les marchés de l'État et des collectivités, il rend un avis dans un délai moyen de 6 mois.
  • Médiation : le médiateur des entreprises peut intervenir gratuitement pour faciliter un accord.
  • Référé provision : le juge administratif peut accorder une provision au titulaire lorsque l'obligation de paiement n'est pas sérieusement contestable.

Le recours contentieux de plein exercice devant le tribunal administratif reste la voie ultime. Le délai de prescription est de 5 ans à compter de la naissance de la créance.

Points de vigilance pour sécuriser l'exécution

La prévention des litiges repose sur des réflexes documentaires et contractuels que le directeur juridique doit systématiser dès la notification du marché.

  • Tracer tous les échanges : chaque instruction de l'acheteur doit faire l'objet d'un ordre de service écrit. Un ordre verbal non confirmé par écrit est difficilement opposable.
  • Archiver les preuves d'exécution : comptes rendus de chantier, PV de réception partielle, courriels de validation technique.
  • Vérifier les clauses de révision de prix : l'absence de clause de révision dans un marché de plus de 3 mois expose le titulaire au risque d'érosion de sa marge en période d'inflation.
  • Anticiper les demandes de prolongation : formaliser toute demande de délai supplémentaire avant l'expiration du délai contractuel, jamais après.
  • Contrôler la chaîne de sous-traitance : s'assurer que chaque sous-traitant est déclaré, accepté et que ses conditions de paiement sont agréées.
Point de vigilanceAction recommandéeRisque évité
Ordres de serviceExiger la forme écrite systématiqueContestation de prestations supplémentaires
Révision de prixVérifier la clause dès la notificationÉrosion de marge
Sous-traitanceDéclarer avant tout début d'exécutionRésiliation pour faute
RéclamationRespecter le délai de 30 jours du CCAGForclusion
FacturationDéposer sur Chorus Pro avec EJ correctRejet et retard de paiement

Un accompagnement juridique en amont de l'exécution permet d'éviter les erreurs de formalisme qui compromettent les droits du titulaire.
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FAQ

Quel est le délai de paiement d'un marché public ?

Le délai global de paiement est de 30 jours pour l'État, les collectivités territoriales et les établissements publics de santé. Ce délai court à compter de la réception de la facture sur Chorus Pro ou de la fin des opérations de vérification prévues au contrat.

Comment contester des pénalités de retard dans un marché public ?

Le titulaire doit adresser un mémoire en réclamation au pouvoir adjudicateur dans le délai fixé par le CCAG (30 jours en CCAG Travaux 2021). Ce mémoire doit démontrer que le retard est imputable à l'acheteur ou à un cas de force majeure, et chiffrer précisément le préjudice.

L'avance est-elle obligatoire dans tous les marchés publics ?

L'avance est obligatoire pour les marchés dont le montant dépasse 50 000 € HT et dont la durée d'exécution excède 2 mois. Son taux est de 20 % du montant TTC, porté à 30 % pour les PME depuis février 2023.

Que se passe-t-il si un sous-traitant n'est pas déclaré ?

Un sous-traitant non déclaré ne bénéficie d'aucun droit au paiement direct. Le titulaire s'expose à une résiliation pour faute du marché et à des sanctions pénales au titre du travail dissimulé si les conditions sont réunies.

Quel est le rôle du CCRA en cas de litige d'exécution ?

Le Comité consultatif de règlement amiable (CCRA) examine les différends entre l'acheteur public et le titulaire. Il rend un avis non contraignant, dans un délai moyen de 6 mois. Sa saisine suspend le délai de recours contentieux, ce qui en fait un outil utile avant toute action devant le tribunal administratif.

Pour aller plus loin

Demander le paiement et facturer un marché public - Entreprendre.Service-Public.fr

Régler un litige à l'amiable lors de l'exécution d'un marché public - Entreprendre.Service-Public.fr

Le Médiateur des entreprises - economie.gouv.fr

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