Suivi des factures électroniques en comptabilité : statuts et contrôles

Guides & Ressources pratiques
13/10/2026
-
6 min de lecture
-
Par

Jullian Hoareau

Points clés de l'article
  1. Le suivi des factures électroniques en comptabilité consiste à relier chaque statut transmis par la plateforme agréée à une écriture comptable et à une ligne de TVA.
  2. Depuis le 1er septembre 2026, toutes les entreprises doivent pouvoir recevoir des factures électroniques ; l'émission devient obligatoire pour les PME et microentreprises au 1er septembre 2027.
  3. 4 statuts sont obligatoires : « Déposée », « Rejetée », « Refusée » et « Encaissée », ce dernier pour les prestations de services.
  4. Une facture rejetée ou refusée ne se traite pas comme une facture validée : la comptabiliser sans contrôle fausse la TVA et la trésorerie.
  5. Le contrôle interne repose sur un rapprochement régulier entre statuts, grand livre et déclarations de TVA.

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Sommaire

Que signifie suivre une facture électronique en comptabilité ?

Les statuts du cycle de vie d'une facture électronique

Statuts obligatoires et statuts facultatifs : ce qui change

Rapprocher statuts, écritures comptables et déclarations de TVA

Factures rejetées ou refusées : les bons réflexes comptables

Organiser le contrôle interne avec sa plateforme agréée

FAQ

Pour aller plus loin

Que signifie suivre une facture électronique en comptabilité ?

Le suivi des factures électroniques en comptabilité consiste à connaître, à tout moment, l'étape atteinte par chaque facture émise ou reçue, puis à en tirer les conséquences comptables et fiscales. Avec la réforme, une facture transite par une plateforme agréée (anciennement appelée PDP, plateforme de dématérialisation partenaire), immatriculée par la DGFiP.

Cette plateforme transmet des statuts, c'est-à-dire des messages normalisés qui indiquent si la facture a été déposée, acceptée, refusée ou payée. Le calendrier fixé par le Ministère de l'Économie rend ce suivi immédiat :

DateRéceptionÉmission
1er septembre 2026Toutes les entreprisesGrandes entreprises et ETI
1er septembre 2027Toutes les entreprisesPME et microentreprises

Ainsi, une PME qui n'émet pas encore de factures électroniques doit déjà suivre les statuts de celles que lui adressent ses fournisseurs soumis à l'obligation.

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Les statuts du cycle de vie d'une facture électronique

Le cycle de vie d'une facture désigne la succession des statuts qu'elle reçoit entre son dépôt et son paiement. Ces règles figurent aux articles 41 septies A à 41 septies P de l'annexe IV du CGI, et la FAQ de la DGFiP « Je découvre la facturation électronique » en détaille l'application.

  • Déposée : la facture est entrée sur la plateforme agréée de l'émetteur.
  • Rejetée : la plateforme l'a écartée pour un motif technique ou de format.
  • Refusée : le destinataire l'a contestée après réception.
  • Prise en charge, approuvée, en litige, suspendue : étapes de traitement chez le client.
  • Paiement transmis : le client indique avoir lancé le règlement.
  • Encaissée : le fournisseur confirme avoir reçu le paiement.

Statuts obligatoires et statuts facultatifs : ce qui change

Seuls 4 statuts sont obligatoires : « Déposée », « Rejetée », « Refusée » et « Encaissée ». Les autres restent facultatifs : l'entreprise peut les utiliser sans y être tenue.

StatutCaractèreEffet pour l'entreprise
DéposéeObligatoirePoint de départ du suivi
RejetéeObligatoireLa facture doit être corrigée puis redéposée
RefuséeObligatoireLe client conteste, la facture n'est pas due en l'état
EncaisséeObligatoire (prestations de services)Alimente l'e-reporting de paiement
Approuvée, en litige, suspendueFacultatifPilotage interne du recouvrement

Le statut « Encaissée » joue un rôle fiscal. En effet, pour les prestations de services, la TVA devient en principe exigible à l'encaissement. Ce statut alimente donc l'e-reporting de paiement, c'est-à-dire la transmission à l'administration des données de règlement.

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Rapprocher statuts, écritures comptables et déclarations de TVA

Le rapprochement consiste à vérifier que chaque statut reçu correspond à la bonne écriture dans le grand livre et à la bonne ligne de la déclaration de TVA. Sans ce contrôle, la comptabilité peut enregistrer une facture que la plateforme a rejetée.

  1. Statut vers écriture : une facture « Déposée » puis acceptée donne lieu à une écriture de vente ou d'achat.
  2. Écriture vers TVA : la TVA collectée ou déductible est déclarée selon la règle d'exigibilité applicable à l'opération.
  3. Encaissement vers e-reporting : pour les services, le statut « Encaissée » doit concorder avec le règlement comptabilisé.

Par exemple, si une ETI de services encaisse 3 factures sans transmettre le statut « Encaissée », les données de paiement reçues par l'administration ne correspondent plus à la TVA déclarée. Un rapprochement mensuel, aligné sur la période de déclaration de TVA, limite ce risque.

Factures rejetées ou refusées : les bons réflexes comptables

Une facture rejetée n'a pas franchi le contrôle technique de la plateforme : elle ne doit pas être comptabilisée comme émise. L'émetteur la corrige puis la dépose à nouveau.

Une facture refusée a, en revanche, été transmise au client, qui la conteste. Sa régularisation dépend du motif du refus et passe, selon les cas, par une nouvelle facture ou un avoir, c'est-à-dire un document qui annule tout ou partie d'une facture.

  • Rejet : aucune écriture tant que la facture corrigée n'est pas déposée.
  • Refus : identifier le motif, puis neutraliser ou corriger l'écriture existante.
  • Côté achats : ne pas déduire la TVA d'une facture fournisseur que l'entreprise a elle-même refusée.

Un refus de facture peut révéler un désaccord contractuel ou fiscal à traiter rapidement.
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Organiser le contrôle interne avec sa plateforme agréée

Le contrôle interne désigne l'ensemble des procédures qui garantissent la fiabilité des données comptables. Avec la facturation électronique, il s'organise autour des statuts transmis par la plateforme agréée.

  • Paramétrage : vérifier que la plateforme transmet les 4 statuts obligatoires et, si besoin, les statuts facultatifs utiles.
  • Responsabilités : désigner qui traite les rejets, les refus et les litiges.
  • Calendrier : fixer un rapprochement avant chaque déclaration de TVA.
  • Traçabilité : conserver l'historique des statuts pour justifier chaque écriture.

Pour les questions d'interprétation fiscale, certaines entreprises s'appuient sur des avocats d'affaires indépendants, par exemple via SWIM LEGAL, plateforme qui les met en relation avec des directions juridiques et financières.

FAQ

Quand le suivi des factures électroniques devient-il obligatoire ?

Le suivi s'impose dès le 1er septembre 2026 pour toutes les entreprises, au titre de la réception. L'émission devient obligatoire à cette date pour les grandes entreprises et ETI, puis au 1er septembre 2027 pour les PME et microentreprises.

Quels sont les statuts obligatoires d'une facture électronique ?

Les statuts obligatoires sont « Déposée », « Rejetée », « Refusée » et « Encaissée ». Le statut « Encaissée » concerne les prestations de services. Les autres statuts sont facultatifs.

Quelle différence entre une facture rejetée et une facture refusée ?

Une facture rejetée est écartée par la plateforme pour un motif technique. Une facture refusée a été reçue par le client, qui la conteste. Leur traitement comptable diffère donc.

Pourquoi le statut « Encaissée » compte-t-il pour la TVA ?

Ce statut alimente l'e-reporting de paiement. Pour les prestations de services, la TVA est en principe exigible à l'encaissement, ce qui rend ce statut utile au contrôle fiscal.

Faut-il changer d'outil comptable ?

Pas nécessairement. L'outil doit surtout pouvoir récupérer les statuts transmis par la plateforme agréée et les rapprocher des écritures et des déclarations de TVA.

Pour aller plus loin

Tout savoir sur la facturation électronique pour les entreprises - Ministère de l'Économie

Factures électroniques et obligations de transmission d'informations, articles 41 septies A à 41 septies P - Légifrance

Je découvre la facturation électronique, foire aux questions - DGFiP

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