Arrêt maladie et salaire : qui paie quoi, et combien

Sommaire

1. Ce que la Sécurité sociale verse pendant l'arrêt

2. Délai de carence : trois jours non indemnisés

3. Maintien de salaire par l'employeur : conditions légales

4. Convention collective : le complément qui change tout

5. Subrogation : percevoir les IJSS à la place du salarié

6. Combien coûte réellement un arrêt maladie

7. CDD, temps partiel, arrêt long : les cas particuliers

FAQ

Pour aller plus loin

1. Ce que la Sécurité sociale verse pendant l'arrêt

Quand un salarié est arrêté, la première source de revenu n'est pas l'entreprise mais l'assurance maladie. La CPAM verse une indemnité journalière égale à 50 % du salaire journalier de base. Ce salaire journalier de base correspond à la somme des 3 derniers salaires bruts précédant l'arrêt, divisée par 91,25. Les salaires bruts retenus sont eux-mêmes limités à 1,4 fois le SMIC mensuel, ce qui écrête les rémunérations élevées. Pour les arrêts prescrits à compter du 1er juillet 2026, le salaire retenu est plafonné à 2 613,83 € bruts et l'indemnité journalière maximale s'établit à 42,97 € par jour. C'est cet écart entre la rémunération réelle et l'indemnité plafonnée qui détermine ce que l'employeur devra combler.

2. Délai de carence : trois jours non indemnisés

En cas d'arrêt maladie non professionnel, la Sécurité sociale applique un délai de carence de 3 jours. Aucune indemnité journalière n'est due sur cette période, le versement démarrant au 4e jour d'arrêt. Cette règle est souvent confondue avec la carence propre au maintien de salaire employeur, qui obéit à une durée différente. La distinction compte, car les deux carences ne se recouvrent pas : le salarié peut n'être pas encore indemnisé par la CPAM tout en l'étant déjà par l'entreprise, lorsque la convention collective supprime la carence employeur. À l'inverse, en l'absence de dispositions conventionnelles plus favorables, un arrêt de 3 jours ne donne lieu ni à indemnité journalière ni à maintien de salaire.

Le calcul des carences dépend de la convention collective applicable à l'entreprise, dont la lecture conditionne la régularité du bulletin de paie.
Cadrer vos obligations en droit du travail

3. Maintien de salaire par l'employeur : conditions légales

Au-delà des indemnités journalières, la loi impose à l'employeur une indemnité complémentaire, appelée en pratique maintien de salaire. Elle débute après un délai de carence de 7 jours. Le salarié perçoit alors 90 % de sa rémunération brute pendant une première période, puis 66,66 % ensuite. La durée de chacune de ces périodes dépend de l'ancienneté du salarié dans l'entreprise. Ce maintien ne se cumule pas avec les indemnités de la Sécurité sociale : il est versé sous déduction des indemnités journalières. L'employeur ne complète donc que la différence entre le montant garanti et ce que verse la CPAM. C'est cette mécanique de complément, et non un versement plein, qui détermine le coût réel supporté par l'entreprise.

4. Convention collective : le complément qui change tout

Le régime légal n'est qu'un plancher. La convention collective applicable peut prévoir des conditions plus favorables, et c'est fréquemment le cas. Deux leviers reviennent : la suppression du délai de carence de 7 jours, qui déclenche le maintien dès le premier jour d'arrêt, et le relèvement du taux, jusqu'à un maintien à 100 % de la rémunération. Toute autre modalité, durée d'indemnisation, condition d'ancienneté ou plafond, dépend du texte conventionnel et ne peut pas être déduite du régime légal. Or c'est précisément là que se logent les erreurs : appliquer le minimum légal alors que la branche impose un maintien intégral produit un rappel de salaire, majoré des cotisations sociales correspondantes. La vérification du texte applicable précède donc tout calcul de paie.

Identifier la convention collective applicable et ses règles de maintien conditionne la sécurité juridique de la paie.
Faire vérifier votre convention collective

5. Subrogation : percevoir les IJSS à la place du salarié

La subrogation est le mécanisme par lequel l'employeur perçoit les indemnités journalières directement de la CPAM, à la place du salarié. Elle est de droit lorsque l'entreprise maintient le salaire. Concrètement, l'employeur verse au salarié sa rémunération selon les règles de maintien, puis encaisse lui-même les indemnités correspondantes. L'intérêt est double : le salarié perçoit un revenu régulier sans attendre le traitement de son dossier par la caisse, et l'entreprise évite d'avoir à récupérer auprès de lui des sommes déjà versées. Sans subrogation, l'employeur doit déduire du bulletin des indemnités dont il ignore parfois le montant exact, ce qui multiplie les régularisations.

6. Combien coûte réellement un arrêt maladie

Le coût d'un arrêt maladie pour l'entreprise n'est pas le salaire du mois. C'est l'écart entre ce que l'employeur doit verser et ce que la Sécurité sociale prend en charge. Trois paramètres commandent cet écart. D'une part le niveau de rémunération : au-delà de 2 613,83 € bruts, l'indemnité journalière reste bloquée à 42,97 €, et le complément à la charge de l'entreprise augmente à mesure que le salaire monte. D'autre part la durée : les 3 jours de carence de la Sécurité sociale et les 7 jours de carence employeur pèsent surtout sur les arrêts courts, alors que les arrêts longs déplacent le coût vers le taux de maintien. Enfin le texte conventionnel, qui peut porter la charge de 66,66 % à 100 %. À ces montants s'ajoutent les coûts indirects de remplacement et de réorganisation.

Un arrêt mal chiffré se solde en rappel de salaire, avec les cotisations et majorations associées.
Sécuriser vos calculs de paie

7. CDD, temps partiel, arrêt long : les cas particuliers

Certaines situations sortent du calcul standard sans modifier les règles de fond.

• CDD : le maintien de salaire suit les mêmes conditions que pour un contrat à durée indéterminée, mais il s'interrompt au terme du contrat, sans prolongation liée à l'arrêt.
• Temps partiel : l'indemnité journalière se calcule sur les salaires réellement perçus, donc sur une base proportionnellement réduite ; le plafond n'a alors aucun effet.
• Arrêt long : le passage de 90 % à 66,66 % intervient au terme de la première période, dont la durée dépend de l'ancienneté ; la convention collective peut allonger l'indemnisation.
• Ancienneté : le maintien légal suppose une condition d'ancienneté, seule la convention collective pouvant l'assouplir.

Dans tous les cas, la règle de méthode reste identique : établir le montant des indemnités journalières, puis calculer le complément dû après déduction.

FAQ

L'employeur doit-il payer les 3 jours de carence ?

Non au titre de la Sécurité sociale, qui ne verse aucune indemnité journalière sur ces 3 jours. L'employeur ne les prend en charge que si la convention collective supprime la carence et impose un maintien dès le premier jour.

Le maintien de salaire s'ajoute-t-il aux indemnités journalières ?

Non. Le maintien employeur est versé sous déduction des indemnités journalières de Sécurité sociale. L'entreprise ne verse que la différence entre le montant garanti et ce que le salarié perçoit de la CPAM.

Quel est le montant maximal des indemnités journalières ?

Pour les arrêts prescrits à compter du 1er juillet 2026, l'indemnité journalière maximale s'élève à 42,97 € par jour, calculée sur un salaire retenu dans la limite de 2 613,83 € bruts.

La subrogation est-elle obligatoire ?

Elle est de droit lorsque l'employeur maintient le salaire. L'entreprise perçoit alors les indemnités journalières directement de la CPAM, à la place du salarié, et lui verse sa rémunération selon les règles de maintien.

Comment éviter un rappel de salaire ?

En vérifiant la convention collective avant tout calcul. Le rappel provient le plus souvent d'un maintien appliqué au taux légal alors que le texte conventionnel prévoit un taux ou une durée plus favorables.

Pour aller plus loin

Montants maximum des indemnités journalières (IJ) - Assurance Maladie (ameli.fr)

Arrêt de travail pour maladie : les indemnités journalières du salarié - Assurance Maladie (ameli.fr)

Indemnisation des arrêts maladie : quels changements dans les secteurs public et privé ? - Service-Public.fr

SWIM LEGAL est une alternative au cabinet d'avocats traditionnel pour les besoins juridiques des entreprises. Incubé par le Barreau de Paris, SWIM a reçu le Prix de l'Innovation pour sa solution permettant à toute entreprise, quelle que soit sa taille ou sa localisation, d'accéder rapidement via la plateforme à des avocats d'affaires expérimentés. Les entreprises peuvent déposer leur besoin — qu'il s'agisse d'un dossier, d'une consultation ou d'un renfort temporaire — de manière confidentielle et recevoir des propositions d'avocats pour répondre rapidement à leur demande.