IJSS sur la fiche de paie : lecture, subrogation et régularisation

Sommaire

IJSS : définition et calcul par l'Assurance maladie

Comment les IJSS apparaissent sur la fiche de paie

Subrogation ou versement direct au salarié

Maintien de salaire employeur et complément de prévoyance

IJSS brutes, nettes, CSG et CRDS sur le bulletin

Erreurs fréquentes et régularisation des IJSS en paie

FAQ

Pour aller plus loin

Lorsqu'un salarié est en arrêt maladie, le service paie doit traduire sur le bulletin trois flux distincts : l'absence, le maintien de salaire et les indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS). Une erreur de traitement des IJSS sur la fiche de paie produit un double paiement, un trop-perçu à récupérer ou un désaccord avec le salarié. Comprendre la logique de chaque ligne permet de contrôler le bulletin et de corriger les écarts.

IJSS : définition et calcul par l'Assurance maladie

Les IJSS compensent la perte de salaire pendant un arrêt de travail prescrit par un médecin. L'Assurance maladie les verse après un délai de carence de 3 jours, période pendant laquelle aucune indemnité n'est due.

Le calcul repose sur le salaire journalier de base : le total des 3 derniers salaires bruts est divisé par 91,25. Ces salaires sont retenus dans la limite de 1,4 fois le SMIC mensuel. L'IJ correspond à 50 % de ce salaire journalier.

Ainsi, un salarié payé 2 500 € brut par mois obtient un salaire journalier de base de 82,19 € (7 500 / 91,25), soit une IJ de 41,10 € par jour.

Le calcul des IJSS conditionne l'exactitude de chaque bulletin émis pendant l'arrêt.
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Comment les IJSS apparaissent sur la fiche de paie

Le bulletin suit une séquence en 3 temps. D'une part, l'employeur déduit l'absence pour maladie, qui neutralise le salaire des jours non travaillés. D'autre part, il ajoute le maintien de salaire lorsque le salarié y a droit. Enfin, il déduit les IJSS lorsqu'il les perçoit lui-même.

Cette séquence évite de verser 2 fois la même somme. En effet, le maintien de salaire s'apprécie IJSS incluses : le total versé doit correspondre à la garantie applicable, et non au salaire plein augmenté des indemnités.

Subrogation ou versement direct au salarié

La subrogation est le mécanisme par lequel l'employeur reçoit les IJSS à la place du salarié, parce qu'il lui maintient sa rémunération. Les IJ sont alors versées par l'Assurance maladie à l'employeur dans les mêmes conditions.

Avec la subrogation, le salarié ne subit pas le décalage de versement des IJ. En revanche, l'employeur doit rapprocher les sommes reçues des montants déduits.

Le choix entre subrogation et versement direct engage la trésorerie et la gestion de la paie.
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Maintien de salaire employeur et complément de prévoyance

L'article L1226-1 du Code du travail impose à l'employeur une indemnité complémentaire au profit du salarié ayant au moins 1 an d'ancienneté. Ce complément est versé après un délai de carence de 7 jours, sauf accident du travail ou maladie professionnelle.

Les IJSS sont déduites de ce complément. Par conséquent, l'employeur ne paie que la différence entre la garantie et les indemnités de la Sécurité sociale. La convention collective peut prévoir un niveau plus favorable, par exemple une carence réduite ou un maintien à 100 %. Un contrat de prévoyance peut aussi compléter ou prolonger cette garantie : ses versements apparaissent alors comme une ligne distincte du bulletin.

IJSS brutes, nettes, CSG et CRDS sur le bulletin

Les IJSS maladie sont des revenus de remplacement, c'est-à-dire des sommes qui compensent une perte de salaire. À ce titre, elles sont soumises à la CSG et à la CRDS au taux applicable à ces revenus. En revanche, elles ne supportent pas les cotisations salariales de sécurité sociale.

Cette distinction explique la lecture du bulletin :

• Avec subrogation : l'employeur déduit les IJSS brutes perçues ou à percevoir, ce qui sépare la part salaire, soumise à cotisations, de la part indemnité.
• Sans subrogation : le salarié perçoit directement les IJ, et l'employeur ne verse que le complément net des IJ.
• Dans les deux cas : la part maintenue par l'employeur reste un salaire et supporte les cotisations habituelles.

Le traitement social des IJSS conditionne l'assiette des cotisations et le net versé au salarié.
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Erreurs fréquentes et régularisation des IJSS en paie

Les écarts relevés en paie suivent quelques schémas récurrents :

1. Oubli de déduction des IJSS : le salarié perçoit le salaire maintenu et les IJ, ce qui crée un double paiement.
2. Déduction d'IJSS estimées non versées : le montant réel diffère de l'estimation, ce qui crée un trop-perçu ou un manque.
3. Carence mal appliquée : les 3 jours de la Sécurité sociale et les 7 jours du maintien légal sont confondus.
4. Ancienneté mal calculée : la durée d'indemnisation à 90 % puis à 2/3 est erronée.

La régularisation consiste à corriger l'écart sur un bulletin ultérieur, en indiquant la période concernée. Lorsque l'employeur a déduit des IJSS estimées, il rapproche ces montants des sommes reçues de l'Assurance maladie, puis ajuste la paie. Un trop-perçu se récupère par une retenue sur salaire, qui doit être expliquée au salarié afin d'éviter un litige.

FAQ

Les IJSS sont-elles imposables ?

Les IJSS maladie sont soumises à la CSG et à la CRDS au titre des revenus de remplacement. Elles ne supportent pas les cotisations salariales de sécurité sociale.

Quand l'employeur pratique-t-il la subrogation ?

La subrogation intervient lorsque l'employeur maintient le salaire pendant l'arrêt. Il perçoit alors les IJ directement de l'Assurance maladie, dans les mêmes conditions que le salarié.

Quel est le montant maximum des IJSS ?

Pour les arrêts prescrits à compter du 1er juillet 2026, l'IJ maladie est plafonnée à 42,97 € par jour. Ce plafond résulte de la limite de 1,4 fois le SMIC mensuel appliquée aux salaires retenus.

Pourquoi le salarié touche-t-il moins pendant les premiers jours d'arrêt ?

L'Assurance maladie applique une carence de 3 jours et le maintien légal une carence de 7 jours. Pendant ces périodes, aucune indemnité n'est due, sauf disposition plus favorable de la convention collective.

Comment corriger des IJSS mal déduites ?

L'employeur rapproche les IJSS déduites des sommes réellement versées, puis corrige l'écart sur un bulletin suivant. Un trop-perçu est récupéré par retenue sur salaire, après information du salarié.

Pour aller plus loin

Indemnités journalières maladie : conditions d'obtention, calcul et modalités de versement - Assurance Maladie

Article L1226-1 du Code du travail : indemnité complémentaire de l'employeur - Code du travail numérique

Code du travail, articles D1226-1 à D1226-8-1 : absences pour maladie ou accident - Légifrance

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